具体的には削除対象の読み込みから処理完了までの全てのプロセス一つ一つが重いです。
削除確定ボタンを押した後に左ペインにページのソースが表示されるという現象もわりとよく起こります。
ソースは一秒ほどで消える時もあれば、手動で更新しなければずっとそのまま固まっている時もあります。

連続して処理に使用する頻度はレス削除とスレ削除が多く、
透明と停止はあまり使わないですけど重くなると何をやっても重いので特定の処理だけ重いという感じではないです。

また、特定の板だけ重いというわけでもなく、どの板でも重くなるので、自分のPC環境に何か問題があるか、
削除スクリプトの置かれているサーバが重くなりやすいか、あるいは削除スクリプトそのものに何らかの不具合があるのではないかと思いました。

だいたいこんな感じですね。参考になるかは分かりませんが・・・。